检查和处理本地晶体结构

在 Codex 或 Claude Code 中打开你自己的项目，使用具备读写文件和执行命令能力的项目对话。普通网页聊天未必能安装 Skill。

• 需要可读写项目文件、运行本地命令的 Codex 或 Claude Code。没有文件工具的普通聊天页面无法安装此 Skill。
• 需要 Python 3.11+ 和 uv。上游核对快照固定 pymatgen 2026.9.24 与 pymatgen-core 2026.9.23；需检查兼容性并保留项目依赖锁定记录。
• 本地结构检查无需 Materials Project 账户；可选联网查询需要另行提出请求，并具备网络访问、mp-api 和 MP_API_KEY。

下面的请求在你自己的助手宿主环境中执行。本页提供使用指南，不在线运行 AI 任务，也不收集你的项目文件。

把这段请求粘贴到项目对话中，让助手先检查原作者的 Skill，并说明所需环境，再开始使用。

我正在使用带文件和命令行工具的 Codex 或 Claude Code。请从 https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills 的固定 commit 593377bb048752abb0152deab9fbb1083a6087df 获取 pymatgen，来源位置为 skills/pymatgen 文件夹。先读 SKILL.md，获取完整 Skill 及其引用的配套文件，包括存在的 references、scripts、assets，不能只复制 SKILL.md。保留原始 LICENSE.md 和作者署名。按当前项目已有配置，将它安装到本宿主支持的当前项目技能目录，不覆盖已有 Skill。核对所需依赖，在变更环境前说明要安装什么。完成后告诉我安装位置及在本宿主中的调用方法，然后等待我提供文件和具体任务，再执行工作流程。

确认安装完成后，把示例路径和任务细节换成你自己的文件，再在同一个项目中发送这段请求。

请用已安装的 pymatgen Skill 检查我本地的 structure.cif。仅在本地处理，关闭 Materials Project 等数据库查询。保留原始 CIF，报告解析警告、组成、晶格参数、坐标模式、部分占位或无序情况及单位。选取并明确说明一组小范围对称性容差，比较结果随容差的变化。将易读报告、可复现 Python 代码、依赖版本和派生文件保存到新输出文件夹，不静默修正或覆盖源结构。

• 包含组成、晶格、占位率、解析警告和对称性信息的结构报告，并注明所用容差。
• 可复现的 Python 代码和来源记录；如请求转换或变换，结果保存为新文件。

请助手说明每个产物保存在哪里、做过哪些检查。使用或分享前，结合原始输入核对结果。

• 已于 2026-10-19 核对源码和文档，未做完整运行测试。
• 对称性与解析结果受容差、占位率和文件质量影响；解析成功不代表结构在物理上正确。
• 默认不访问 Materials Project；数据库条款与第三方依赖许可证需和 Skill 的 MIT 许可证分别核对。

这是 AimatraLab 整理的第三方开源精选。Skill 由原作者维护，源码链接直接指向原作者仓库。

原作者

K-Dense Inc.

仓库

https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills

收录版本

1.5

固定提交

593377bb048752abb0152deab9fbb1083a6087df

许可

MIT

文档核对日期

2026-10-19